A atividade de Planejamento no Estado da Bahia iniciou sua trajetória em 1955 com a criação da Comissão de Planejamento Econômico, primeiro órgão de Planejamento do Estado. Para chegar até os moldes atuais - o de núcleo corporativo estratégico de formulação e articulação do planejamento e dos meios de financiamento do desenvolvimento estadual - o Planejamento passou por muitas modificações estruturais.

Em 1966, com a criação do Sistema Estadual de Planejamento, o poder executivo adotou o Planejamento como "técnica administrativa da aceleração deliberada do processo social, cultural, científico e tecnológico e do desenvolvimento econômico do Estado". Em 1971, foi criada a Secretaria do Planejamento, Ciência e Tecnologia - Seplantec, com a finalidade de executar as funções de planejamento, programação, orçamento, organização, estatística, ciência e tecnologia, no âmbito estadual, passando a coordenar as atividades do referido sistema.
A ênfase dada à elaboração de planos, programas e projetos de desenvolvimento deslocou a função planejamento da especificidade Ciência e Tecnologia, buscando atingir metas a médio e a longo prazos.

A preocupação com o controle da poluição ambiental deu como resultado, em 1973, a instituição do Conselho Estadual de Proteção Ambiental, denominando poluição qualquer alteração das propriedades físicas, químicas ou biológicas do meio ambiente (solo, água e ar), causada por qualquer forma de matéria ou energia resultante das atividades humanas que seja nociva ou ofensiva à saúde, à segurança e ao bem-estar das populações, crie condições inadequadas para fins domésticos, agropecuários, comerciais, industriais e públicos, assim como ocasione danos à fauna e à flora.

Em 1973, com a divisão do Estado em 17 Regiões Administrativas, foram criados os Centros Regionais Integrados (Cerin), integrando a estrutura da Secretaria, como órgãos da administração centralizada, e localizados nas sedes das referidas regiões.

À reorganização da pasta, em 1974, seguiram-se modificações na sua estrutura, extinguindo-se a Superintendência do Centro Administrativo da Bahia e a Coordenação da Assistência Técnica, e instituindo a participação da Associação Comercial da Bahia no Conselho Estadual de Proteção Ambiental. Ainda no mesmo ano, a alteração na Lei Delegada n° 08, de 09.06.74, leva à criação da Subsecretaria de Planejamento e Subsecretaria de Ciência e Tecnologia.

Em 1977, considerando a sua contribuição para a formação de novas gerações, foi instituído o Museu de Ciência e Tecnologia do Estado da Bahia. Em 1988, através do decreto 1530/88, as atividades de Ciência e Tecnologia passaram a ser coordenadas por um secretário extraordinário e, em 1989, de acordo com a Lei nº 5121, a Seplantec passa a denominar-se Secretaria do Planejamento - Seplan.
A modificação da estrutura organizacional da administração estadual, ocorrida em 1991, fez voltar à antiga denominação de Planejamento, Ciência e Tecnologia e extinguiu a Comissão Interinstitucional de Ciência e Tecnologia, criando o Conselho Estadual de Ciência e Tecnologia.
Em 1995, foi criada a Superintendência de Estudos Econômicos e Sociais da Bahia (SEI) sob a forma de autarquia, mediante fusão da Fundação Centro de Projetos e Estudos e da autarquia Centro de Estatística e Informações, com a finalidade de elaborar estudos e projetos, bem como prover a base e difundir as informações, estatísticas e geográficas visando a formulação de políticas públicas, planos e programas de desenvolvimento do Estado, ficando extinto o Centro de Desenvolvimento Municipal e Urbano - Cemur.

Em 27 de agosto de 2001, foram criadas, na estrutura da Seplantec, a Superintendência de Acompanhamento e Avaliação de Políticas Públicas e a Coordenação de Ciência e Tecnologia. Mais recentemente, a Lei n° 8.631, de 12 de junho de 2003, alterou a denominação desta Secretaria para Secretaria do Planejamento - Seplan, considerando o disposto no Decreto n° 8.414, de 02 de janeiro de 2003, que dispõe sobre as atribuições do Secretário Extraordinário para Assuntos de Ciência, Tecnologia e Inovação, que desenvolve as atividades relacionadas ao desenvolvimento científico e tecnológico.

Através da Lei n° 8.897, de 17.12.2003, foi criada, de forma efetiva, a Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação, ficando excluídas da finalidade e competências da Seplan a execução das funções de ciência e tecnologia.

Foi extinta, na estrutura organizacional da Seplan, a Coordenação de Ciência e Tecnologia e remanejados, desta Secretaria para a Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação, a vinculação da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia - Fapesb e do Conselho Estadual de Ciência e Tecnologia.